Người có liên quan trực tiếp nhất đến các thủ lĩnh Khmer Đỏ còn sống bị nghi đóng vai trò trong cái chết của Stuart Glass mà nhiều người cho là một trong hai cá nhân giấu tên được dư luận quan tâm trong Vụ án 003 của Tòa án Đặc biệt Tư pháp Campuchia hay còn gọi là Tòa án Khmer Đỏ.[15] (Vụ án 001 của ECCC kết thúc vào tháng 7 năm 2010 với việc kết tội giám đốc S-21 Kaing Guek Eav, bí danh Duch;[16] Vụ án 002 được đưa ra xét xử vào mùa thu năm 2011). Meas Mut, một thủ lĩnh Quân đội Cách mạng Campuchia về hưu và Phật tử tự xưng, là "Bí thư"/"Chủ tịch" của Sư đoàn 164 Quân đội Cách mạng Campuchia—hải quân Khmer Đỏ—đã bắt giữ Stuart Glass và tám du thuyền viên phương Tây khác—giết Glass và đưa những người khác đến S-21 buộc họ phải "tự thú" về lòng trung thành của CIA theo lời khai và đem các thủy thủ trẻ này ra hành quyết.[17]

Trong suốt mùa xuân và mùa hè năm 2011, các phòng ban khác của ECCC đã thảo luận với nhau—đôi khi một cách gay gắt—liệu có nên tiếp tục điều tra Vụ án 003 này hay không.[18] Đồng công tố viên người Anh của tòa án là Andrew Cayley tin rằng Vụ án 003 đã được điều tra một cách thiếu kỹ lưỡng.[19] Đồng nghiệp người Campuchia của Cayley không đồng ý, dựa theo quan điểm của chính phủ Campuchia.[20] Thủ tướng Campuchia Hun Sen—một cựu chỉ huy cấp trung của Khmer Đỏ—đã nói rõ quan điểm rằng tòa án nên kết thúc công việc của mình và chắc chắn không mở rộng tội danh cho bất kỳ ai khác ngoài các bị cáo Vụ án 002 gồm Nuon Chea, Ieng Sary, Ieng Thirith và Khieu Samphan. Tòa án vẫn chưa quyết định liệu Vụ án 003 có được chuyển sang xét xử hay không.

Phiên tòa xét xử những kẻ tình nghi sát hại Stuart Glass bắt đầu (Nuon Chea và Ieng Sary lần lượt phụ trách bộ máy an ninh nội bộ và đối ngoại của Campuchia Dân chủ), ba mươi ba năm sau cái chết của anh chàng người Canada này.[21][22] Ngày 7 tháng 8 năm 2014, cả hai bị cáo đều bị tòa kết tội ác chống lại loài người và tuyên án tù chung thân.[23]